Nació en Buenos Aires en 1799.
Se enroló muy joven en el Regimiento de Granaderos a Caballo, y cruzó los Andes con el Ejército de los Andes, del general José de San Martín; luchó en Chacabuco, Cancha Rayada y Maipú, participando también en las últimas campañas del sur de Chile.
En la marcha hacia el Perú, San Martín desembarcó en Pisco y casi de inmediato se produjo el encuentro de Nazca donde ochenta granaderos al mando del mayor Lavalle, el capitán Brandsen y el teniente Isidro Suárez lucharon a denuedo contra 600 realistas, que derrotados perdieron más de la tercera parte de sus hombres y armamento.
Combatió en el Cerro de Pasco y el sitio de El Callao y a las órdenes de Guillermo Miller hizo la campaña de Arequipa y luchando con destreza y valentía desmedidas en la batalla de Mirave, la victoria le valió el ascenso a teniente coronel.
El 6 de agosto de 1824 en la Pampa de Junín se enfrentaron los ejércitos independentista y realista. Los patriotas estaban en peor terreno y la caballería realista estaba en mejores condiciones.
En la tarde, a las cuatro, se produjo un choque terrible. En el primer choque de ambas caballerías “con sables y espadas”, la del general Miller fue avasallada. Esa impresión obligó a Simón Bolívar a abandonar el campo y reunirse con su infantería que se encontraba a retaguardia. Una vez reunidos sus hombres, apuró el paso y esperó nuevamente a la caballería realista al mando de José Canterac.
Parte de la caballería de Miller, los Húsares del Perú, al mando de Manuel Isidro Suárez, quedó emboscada en un recodo del camino, en uno de los flancos de las fuerzas principales de Miller. Allí se mantuvo Suárez, en espera.
No salió inmediatamente a auxiliar al resto de la caballería de Miller, al observar que la caballería realista de Canterac, venía a todo galope en persecución, Isidoro Suárez la dejó pasar y luego que el Mayor peruano, José Andrés Rázuri, le comunicó una falsa orden de cargar a la caballería realista, Suárez ordenó el ataque; de improviso la caballería realista se vio atacada por su flanco descuidado y se desconcertó.
Al darse cuenta de este hecho los de la caballería del ejército unido libertador que se encontraba en fuga, empezaron a reagruparse y volver al ataque.
Los realistas no pudieron aguantar tan inesperada reacción y empezaron el desbande, perseguidos por los Húsares del Perú, Granaderos de Colombia, Regimiento de Granaderos a Caballo y Húsares de Colombia.
Por sus méritos fue ascendido a coronel y el nombre de su escuadrón fue cambiado por Bolívar a Húsares de Junín, actualmente la escolta presidencial del Perú, a cuya cabeza volvió a combatir en la batalla de Ayacucho.
Acusado de intentar derrocar a Bolívar, junto con otros muchos oficiales argentinos, fue arrestado y expulsado del Perú. Durante algún tiempo residió en Chile. Jorge Luis Borges lo reconoce su pariente antecesor.
Regresó a Buenos Aires en 1827, y por orden del presidente Bernardino Rivadavia fue puesto al mando de un regimiento de lanceros, con el que puso sitio a Colonia, aún en manos brasileñas.
A su regreso a Buenos Aires, prestó servicios en contra los indígenas que asolaban la frontera bonaerense.
Apoyó la revolución del 1 de diciembre de 1828, dirigida por Juan Lavalle contra el gobernador Manuel Dorrego. Combatió en la batalla de Navarro y participó en la campaña contra las montoneras federales del norte de la provincia de Buenos Aires.
El 7 de febrero de 1829 derrotó a una parte de las fuerzas de Rosas en Las Palmitas; en su honor, el gobernador delegado Guillermo Brown llamó al cercano Fuerte Federación con el nombre de Junín, hoy una ciudad importante.
Después de la caída de Lavalle se exilió en Montevideo. Tuvo una estancia en Mercedes.
Apoyó las revoluciones de Fructuoso Rivera contra el presidente Manuel Oribe, pero no llegó a combatir en ninguna batalla.
Después de la batalla de Arroyo Grande (1842), a principios de 1843 comandó una división de dispersos reunidos en Mercedes para intentar impedir el avance de Oribe sobre Montevideo. Y fue obligado a refugiarse en la ciudad, donde participó en la defensa contra el sitio que le impuso Oribe.
Falleció en febrero de 1846 en Montevideo. Curiosamente, sus cenizas fueron mezcladas con la de su amigo, el coronel José Valentín de Olavarría.
Homenajes: Además del nombre de la ciudad de Junín, también la ciudad de Coronel Suárez de 50.000 habitantes, honra la memoria del heroico Coronel, como así el partido de Coronel Suárez, división administrativa de la provincia de Buenos Aires.